制药工程专业于2004年开始招生，2017年1月通过中国工程教育专业认证，成为福建农林大学第一个通过认证的本科专业，2020年1月又顺利通过第二轮认证。认证有效期内毕业的学生在《华盛顿协议》相关国家或地区申请工程师执业资格或研究生学位时，将享有当地毕业生同等待遇，为本专业毕业生走向世界提供具有国际互认质量标准的“通行证”。2021年本专业入选国家级一流本科专业建设点；2022年至今，“软科中国大学专业排名”评为B+专业。
制药工程专业简要发展历程
2020年1月制药工程专业通过第二轮中国工程教育专业认证
本专业现有专任教师23名，其中有正高级职称3人，副高级职称9人。1门课程入选国家级一流本科课程，3门课程入选省级一流本科课程；1门课程获评福建省课程思政示范课程；1个教学团队获评福建省课程思政教学团队；1人获评福建省课程思政教学名师。拥有校内实训基地、药物鉴定与检测实验室、虚拟仿真实验室等本科教学平台，为本科生提供优质科研创新实践平台，毕业生深受社会欢迎和认可。
实践教学基地——上海药明康德集团
学生参加全国大学生制药工程设计竞赛总决赛
本专业培养能够从事制药及相关领域的生产与技术管理、质量管理与控制、工艺与工程设计、技术与产品研发和经营管理等工作，能够成为所从事领域生产与发展需要的工程技术与管理工作骨干人才。为提升学生工程实践和解决复杂工程问题的能力，本专业与上海药明康德新药开发有限公司、广东东阳光药业研究院、福建广生堂药业股份有限公司等省内外二十几个知名药企合作建立校外实践教学基地，培养的学生获业内专家及用人单位的广泛好评。近五年，本专业学生在“挑战杯”全国大学生系列科技学术竞赛和全国大学生制药工程设计竞赛中连续斩获国家级一、二等奖的好成绩;近年来，毕业生就业率持续保持在90%以上，2023届毕业生就业率达98.21%。每年均有优秀本科毕业生推免或考入中国科学院大学、复旦大学、上海交通大学、浙江大学、西安交通大学、天津大学、中山大学、厦门大学、重庆大学、华东理工大学、中国药科大学等名校攻读硕(博)士研究生。